Die ältesten Teile des Archivs gehen auf den Urkundenschatz der Markgrafen und Herzöge von Österreich, also der Babenberger und der frühen Habsburger, zurück. Die erste Erwähnung eines babenbergischen „Archivs“ stammt aus dem Jahr 1137; es befand sich damals in Klosterneuburg bei Wien.
Nach dem Aussterben der Babenberger 1246 wurde der Urkundenschatz dem Deutschen Orden übertragen und kam schließlich über Ottokar II. Přemysl an die neuen Landesherren, die Habsburger. Als Aufbewahrungsort des habsburgischen Urkundenschatzes diente zunächst die Burgkapelle in Wien.
Die habsburgischen Länderteilungen des Spätmittelalters führten dazu, dass die Urkunden nach territorialen Gesichtspunkten auf die nebeneinander regierenden Linien der Herrscherdynastie aufgeteilt wurden. An den einzelnen Residenzorten bildeten sich so im Laufe der Zeit eigene „Archive“.
Einigen frühen Initiativen zur Zentralisierung unter Kaiser Maximilian I. und Kaiser Ferdinand I. blieb der Erfolg versagt. Schon 1564 schrieb eine neuerliche Länderteilung die Zersplitterung des Urkundenschatzes auf längere Zeit fest. In Prag, Innsbruck, Graz und Wien blieben bzw. bildeten sich Urkundendepots und „Archive“. Auch die Wiedervereinigung aller habsburgischen Länder unter Kaiser Leopold I. im Jahre 1665 vermochte daran nichts zu ändern.
Selbst der landesfürstliche Urkundenschatz in Wien war bis zur Mitte des 18. Jahrhunderts auf mehrere Lagerorte verstreut und unterschiedlichen Behörden unterstellt: Das finstere und unbequeme „Schatzgewölbearchiv“ befand sich seit dem 16. Jahrhundert nicht mehr in der Burgkapelle, sondern im Westturm der Hofburg. Hinzu kamen die in der Schatzkammer im Schweizertrakt verwahrten neueren Haus- und Familienurkunden und Schriftgutsplitter in der Hofbibliothek.
Schon seit längerem war ein Gesamtarchiv, ein stets greifbares „Universal-Staatsarchivum domus Austriae“, gefordert worden. Verwirklicht wurde diese Idee aber erst, als Maria Theresia am Beginn des Österreichischen Erbfolgekrieges (1740–1748) selbst schmerzlich erkennen musste, dass sie ihre Erbansprüche auf die Länder ihres Vaters nicht angemessen geltend machen konnte, weil die nötigen Dokumente nicht hinreichend rasch greifbar waren.
Die 1749 verfügte Gründung eines Geheimen Hausarchivs in Wien erfolgte vor dem Hintergrund der maria-theresianischen „Staatsreform“, die in Reaktion auf die eben überstandene existentielle Krise die Auflösung der historischen Ländergruppen und eine Zentralisierung der Verwaltung in den gleichgeschalteten böhmisch-österreichischen Ländern anstrebte. „Zentralisierung“ war auch das Schlüsselwort der Archivpolitik der Kaiserin-Königin.
Das neue Archiv, von 1753 bis Ende des 19. Jahrhunderts im Reichskanzleitrakt der Hofburg untergebracht, war daher zunächst ein künstlich geschaffenes „Auslesearchiv“, in dem die wichtigsten Familien- und Staatsurkunden und damit die Rechts- und Herrschaftstitel der Habsburger zusammengetragen werden sollten.
Zu diesem Zweck entsandte Maria Theresia ihren Hausarchivar Theodor Anton Taulow von Rosenthal (1702–1779) nach Prag, Graz und Innsbruck; gleichzeitig wurden die Behördenarchive in Wien und in den Ländern sowie die Schatzkammer nach wichtigen Haus- und Staatsurkunden durchsucht.
Erbteilungsverträge und Vergleiche, Heiratskontrakte, Herrschaftsverzichte, Testamente, Thronfolgebestimmungen, Bündnisabkommen, Friedensschlüsse und Waffenstillstände, aber auch Privilegien der Stände und Länder wanderten in großer Zahl in das Wiener Hausarchiv.
Schließlich bereicherte auch der Gemahl Maria Theresias, Herzog Franz Stephan von Lothringen (als römisch-deutscher Kaiser Franz I.), die habsburgischen Bestände noch um das aus Nancy mitgebrachte lothringische Hausarchiv.
Das mit Anbruch der Neuzeit massenhaft bei den neuen Zentralbehörden anfallende Verwaltungsschriftgut, das samt den zugehörigen Geschäftsbüchern in den Registraturen der Kanzleien verwahrt und nach und nach in „alte Registraturen“ (Kanzleiarchive) abgeschoben wurde, interessierte im 18. Jahrhundert noch wenig.
Immerhin war schon 1753 vorgesehen, dass auch die zukünftig abzuschließenden Originalverträge mit fremden Mächten und Reichsständen und die Familienurkunden im Hausarchiv hinterlegt werden sollten.
Die tatsächliche Durchsetzung dieses Grundsatzes gegenüber der für Außenpolitik und Familiensachen zuständigen Verwaltungsbehörde zog sich freilich hin, obwohl das Archiv seit 1762 ohnedies der Geheimen Haus-, Hof- und Staatskanzlei direkt unterstand. Seit Beginn des 19. Jahrhunderts spiegelte sich dieses Unterstellungsverhältnis übrigens auch in der fortan charakteristischen Bezeichnung des Hausarchivs wider: „(Geheimes) Haus-, Hof- und Staatsarchiv“.
Den entscheidenden Schritt zu einem „lebenden“ Behördenarchiv tat das Archiv erst mit den großen Schriftgutablieferungen der Staatskanzlei bzw. des 1848 an ihre Stelle getretenen Ministeriums des kaiserlichen Hauses und des Äußern in den Jahren 1829 und 1851.
Schon in der 1. Hälfte des 19. Jahrhunderts wurde das Haus-, Hof- und Staatsarchiv als Hüter des landesfürstlichen Urkundenschatzes und ausgewählter Eliteregistraturen zunehmend als Vereinigungspunkt von historisch wichtigem Archivgut verschiedenster Provenienz betrachtet.
So erhielt es die wertvollen Schriftgut- bzw. Urkundenbestände aufgehobener Klöster und reichsfürstlicher Hochstifte oder der 1797 habsburgisch gewordenen Republik Venedig ebenso überantwortet wie die Registraturen der habsburgischen Verwaltungsbehörden jener Länder, die in den Stürmen der Revolutions- und napoleonischen Kriege verloren gingen („Länderabteilungen“, insbesondere: Belgien-Niederländisches Departement und Italien-Spanischer Rat).
Natürlich kam nach 1806 auch der Schriftgutnachlass der am Kaiserhof in Wien amtierenden obersten Behörden des Heiligen Römischen Reiches deutscher Nation (Reichshofrat, Reichskanzlei) an das Haus-, Hof- und Staatsarchiv. 1852 sicherte man sich noch das lange Zeit herrenlose Mainzer Erzkanzlerarchiv.
Noch in der 1. Hälfte des 19. Jahrhunderts war das Haus-, Hof- und Staatsarchiv, seinem Gründungsauftrag entsprechend, historisch-juristische Rüstkammer im Dienste der Dynastie und des Staates, der externen wissenschaftlichen Forschung aber nur in Ausnahmefällen zugänglich. Einzelne Archivare wie Joseph von Hormayr (1782–1848) oder Joseph Chmel (1798–1858) sicherten sich allerdings in der Historikerzunft des Vormärz einen prominenten Platz.
Es war der bedeutende Biograph Maria Theresias, Alfred von Arneth (1819–1897), der nach Übernahme der Archivdirektion 1868 sein Haus der Forschung öffnete und seine Mitarbeiter auch zur aktiven Mitgestaltung der österreichischen Historiographie anhielt.
Bis in die 2. Republik verwirklichte sich im Beamtenstab des Haus-, Hof- und Staatsarchivs die Symbiose von Archivdienst, wissenschaftlicher Forschung und universitärer Lehre in besonderer Weise. Bedeutende Historiker wie Ottokar Lorenz (1832–1904), Hans Schlitter (1858–1945), Hans von Voltelini (1862–1938), Lothar Groß (1887–1944), Otto Stowasser (1887–1934), Otto Brunner (1898–1982), Franz Huter (1899–1997) oder Erika Weinzierl (* 1925) gingen aus dem Dienststand des Haus-, Hof- und Staatsarchivs hervor.
Verständlicherweise schufen die großen Archivalienzuwächse ein Platzproblem, das man auch mit immer neuen Notlösungen in Form zahlreicher Außendepots in der Inneren Stadt nicht mehr bewältigen konnte. Außenminister Graf Agenor Gołuchowski (1895–1906) war es zu verdanken, dass in den Jahren 1899–1902 der noch heute genützte, damals dem neuesten Stand der Technik entsprechende Archivzweckbau am Minoritenplatz errichtet wurde.
Die Ironie der Geschichte wollte es, dass schon kurz nach der endlich vollbrachten räumlichen Vereinigung des Archivs mit seiner Dienstbehörde – das Haus-, Hof- und Staatsarchiv schließt räumlich nahtlos an das Staatskanzleigebäude Johann Lukas von Hildebrandts am Ballhausplatz an – die Monarchie unterging (1918).
Nach dem 1. Weltkrieg blieb das Archiv dem Staatsamt bzw. Bundesministerium für Äußeres (dann: Bundeskanzleramt / Abteilung Auswärtige Angelegenheiten) zugeordnet und übernahm weiterhin archivwürdiges Schriftgut und laufend die völkerrechtlichen Vertragsurkunden.
Die Nachkriegszeit war einerseits geprägt von qualitativ wie quantitativ bedeutenden Abtretungen an Nachfolge- und Siegerstaaten, andererseits kamen die mit dem Sturz der Monarchie gleichsam über Nacht archivwürdig gewordenen Registraturen der obersten Hofämter (Obersthofmeister, Obersthofmarschall, Oberstkämmerer, Oberststallmeister) und der kaiserlichen Kabinettskanzlei in das Haus am Minoritenplatz.
1940 wurde das Haus-, Hof- und Staatsarchiv Teil des „Reichsarchivs Wien“, das die Wiener Zentralarchive organisatorisch zusammenfasste und unter der Leitung des langjährigen Direktors des Haus-, Hof- und Staatsarchivs, Ludwig Bittner (1877–1945), stand. In der Schlussphase des Zweiten Weltkrieges erlitten ausgelagerte Archivbestände in einem niederösterreichischen Außendepot dramatische Verluste.
Seit 1945 bildet das Haus-, Hof- und Staatsarchiv eine Abteilung des Österreichischen Staatsarchivs.
Nach der Errichtung des Archivs der Republik 1983 trat das Haus-, Hof- und Staatsarchiv sein Archivgut aus der Zeit der 1. und 2. Republik sowie aus der NS-Zeit an die neu gegründete Abteilung ab, ebenso die Kompetenz zur laufenden Übernahme von archivwürdigem Schriftgut des Außenministeriums. Drängende Raumprobleme wurden damit gelöst. Disloziert in der Neuen Hofburg untergebrachte Teile der Hofarchive konnten in das Haupthaus rückgeführt werden.
Für Archivgut, Archivare und Benützer begann Ende der 1990er Jahre eine schwere Zeit, als das in die Jahre gekommene Gebäude am Minoritenplatz zum Zwecke einer Generalsanierung vollständig geräumt werden musste. In einem Ausweichlokal unweit des Minoritenplatzes konnte ein Notbetrieb aufrechterhalten werden.
Nach Abschluss der Sanierungsarbeiten (2001–2003) und der feierlichen Wiedereröffnung präsentiert sich das alte Heim in neuem Glanz. Haustechnik und Benützerkomfort entsprechen nunmehr den Anforderungen der Gegenwart. 2005 kehrten die letzten ausgelagerten Archivalien an den Minoritenplatz zurück.
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